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1929年5月27日,东省特别行政区行政长官张景惠,借苏联驻哈尔滨总领事馆召开远东党员代表会这一理由,派军警搜查了这里,同时逮捕了苏联领事和苏方人员39人。两天后,张学良下令以“违反协定,宣传赤化”为名,封闭了哈尔滨、齐齐哈尔、海拉尔、绥芬河等地的苏联领事馆。7月10日,东北地方当局封闭了在哈尔滨远东商贸局、商船局等在哈尔滨的一些商业机构,同时决定武力收复中东铁路,从而引发了中东铁路事件。7月19号中苏断交,之后两国军队分别在边境集结,冲突不断。10月中旬大规模冲突正式爆发。
中东铁路事件是“改旗易帜”后的张学良做出的一个具有国际影响的重大抉择。遗憾的是这场战争以东北军的惨败收场。他与苏联签订《伯力协定》,黑龙江与乌苏里江之间的黑瞎子岛被苏军占领。1930年1月,苏联驻哈尔滨总领事馆正式恢复办公。值得一提的是,中东铁路事件整个爆发期间,日本军队在东北增兵的数量达到一万三千多人,而且集中了大量兵力部署在长春一线。另一个重要后果就是张学良就此缩起了手脚,直接导致了两年后九一八事变的不抵抗行为。
日本人不费吹灰之力占领东北军治下的东三省,建立满洲国。1933年5月2日,苏联外长李维诺夫出面,提议把中东铁路卖给满洲国。后来,苏日双方进行了近两年的谈判,多次把哈尔滨领事馆作为谈判地点,最终于1935年3月24日达成协定,苏联以1亿4千万日元把中东铁路及其一段支线卖给了日本。日本与苏联又先后进行多次外交谈判,于1941年签订了《日苏中立条约》,苏联承认了伪满洲国,苏联驻哈尔滨领事馆又成为了苏联驻伪满洲国的主要领事机构。
1945年,二战进入尾声,8月9日苏军对日宣战,苏联驻哈尔滨领事馆关闭。1945年8月15日,日本宣布投降,19日苏联红军进驻哈尔滨,直到1946年4月下旬,苏联红军撤出哈尔滨。