基于“拔河”的HT Chip

喜欢喝冰茶 · 发表于 2012-9-14 22:55:13

本帖最后由喜欢喝冰茶于 2012-9-14 22:30 编辑

最近的Nature methods和 biotechnology上谈到了一些基于“力”的High-throughput chip。超过100kb的长度，是现在热炒的NGS／3GS难以望其项背的。特别是对现在大家都不知道的重复性DNA区域的研究会有帮助，同时也对structural variation的理解有益。

事实上在“拔河”比赛中，至少对于protein，无论是实验技术还是计算技术都已经有一、二十年的历史。单分子力技术的发展中，加州的研究人员一直处于前列，例如现能源部长。但是最近大规模将其转换为应用领域的努力，对DNA整个的操作机理会有可以预见性的帮助，特别是对于临床，例如Cancer Genomics。

某种意义上来说，“拔河”比赛和"搭积木"是个相反的过程，看看等忙完手边儿的一些项目，有时间写个“搭积木”的姊妹篇，“我和春天有个约会”，哦！是和胖胖蛋白有个约会。

martian · 发表于 2012-9-15 16:37:48

有没有报道的链接?有兴趣了解一下,我是做ngs的.

喜欢喝冰茶 · 发表于 2012-9-15 20:47:07

本帖最后由喜欢喝冰茶于 2012-9-15 20:33 编辑

martian 发表于 2012-9-15 02:37 2 W0 T2 Y" {7 q6 E5 c% T! Q! t
有没有报道的链接?有兴趣了解一下,我是做ngs的.

Mehods: DNA: stretch for the camera, http://www.nature.com/nmeth/journal/v9/n9/full/nmeth.2166.htm

Methods: Pulling on single molecules, http://www.nature.com/nmeth/journal/v9/n9/full/nmeth.2149.html
这个似乎全文是免费的。

Biotechnology: Genome mapping on nanochannel arrays for structural variation analysis and sequence assembly. Pubmed ID: 22797562

隧道 · 发表于 2012-9-25 16:05:25

有点意思。没想到单分子力谱居然有这方面的应用。
不过单分子力谱得到的数据有多可靠？收集数据有多快？

喜欢喝冰茶 · 发表于 2012-9-27 11:53:22

隧道发表于 2012-9-25 02:05
9 e% a, U9 B' s4 ]# ]1 R9 O有点意思。没想到单分子力谱居然有这方面的应用。( y+ Z9 M. Y+ o) q8 }
不过单分子力谱得到的数据有多可靠？收集数据有多快？

看着还行，开始出来的东西，不能指望太好。现在的microarray不也是经过十几年的发展才到现在的精度吗？

慢慢来，至少部分的能够得到一些3D的信息了，现在的HT技术还做不到。

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