基于“拔河”的HT Chip

喜欢喝冰茶

3 x3 g4 G1 h, B
最近的Nature methods和 biotechnology上谈到了一些基于“力”的High-throughput chip。超过100kb的长度，是现在热炒的NGS／3GS难以望其项背的。特别是对现在大家都不知道的重复性DNA区域的研究会有帮助，同时也对structural variation的理解有益。
4 w' H" K4 Y( K3 E, N9 T
% V" @0 ]7 s9 n9 }事实上在“拔河”比赛中，至少对于protein，无论是实验技术还是计算技术都已经有一、二十年的历史。单分子力技术的发展中，加州的研究人员一直处于前列，例如现能源部长。但是最近大规模将其转换为应用领域的努力，对DNA整个的操作机理会有可以预见性的帮助，特别是对于临床，例如Cancer Genomics。
, t- r5 O5 ?; D* J
某种意义上来说，“拔河”比赛和"搭积木"是个相反的过程，看看等忙完手边儿的一些项目，有时间写个“搭积木”的姊妹篇，“我和春天有个约会”，哦！是和胖胖蛋白有个约会。

martian

有没有报道的链接?有兴趣了解一下,我是做ngs的.

喜欢喝冰茶

  `+ A1 Y+ A  R* B; t" P/ s

martian 发表于 2012-9-15 02:37
1 G& }9 p& B9 t, ?+ r# R9 @+ [有没有报道的链接?有兴趣了解一下,我是做ngs的.

, I8 K6 K8 F/ d/ e' y
Mehods: DNA: stretch for the camera, http://www.nature.com/nmeth/journal/v9/n9/full/nmeth.2166.htm

1 L2 ~+ I. C* X) S6 V6 \+ B- yMethods: Pulling on single molecules, http://www.nature.com/nmeth/journal/v9/n9/full/nmeth.2149.html
# Q5 @* r; K) Y9 Q) I2 ^. [这个似乎全文是免费的。
) X1 p6 \+ _9 W8 K% k
Biotechnology: Genome mapping on nanochannel arrays for structural variation analysis and sequence assembly. Pubmed ID: 22797562

隧道

有点意思。没想到单分子力谱居然有这方面的应用。
7 K1 f3 n0 E8 ]) W6 b不过单分子力谱得到的数据有多可靠？收集数据有多快？
( r+ H  \% m  t6 y
" R' F9 ]% y5 F
" q+ I1 L3 f4 z/ |& Z1 C- M8 N

喜欢喝冰茶

隧道 发表于 2012-9-25 02:05
有点意思。没想到单分子力谱居然有这方面的应用。
( T. F6 B# y3 ]: R* s! x不过单分子力谱得到的数据有多可靠？收集数据有多快？

1 k/ E* _- Y8 _. w看着还行，开始出来的东西，不能指望太好。现在的microarray不也是经过十几年的发展才到现在的精度吗？
7 D+ k% H3 w- W1 E. Y$ C
慢慢来，至少部分的能够得到一些3D的信息了，现在的HT技术还做不到。