MacArthur 发表于 2013-10-6 16:17: X& m Z/ U: \" R# L U ?3 j
这就是基因BLAST算法的标准定义嘛。。。5 _3 e" z0 m; {$ I4 u
3 t- o! ~7 O& s8 p4 `4 x
Google "Blast算法",一堆开源程序。
MacArthur 发表于 2013-10-7 06:17
这就是基因BLAST算法的标准定义嘛。。。
8 j& R- u8 C$ w# t: p' w
Google "Blast算法",一堆开源程序。
string1: TACGGCATGGCTATCGTAGCTAG
string2: GCTAT: I* v5 T' e g* B/ ^
, d7 C" o3 Z) T. I
要求在string1里找到string2的位置,如果存在多个的话,都要找出来。
如果两个字符串是这个样子
5 a8 R2 a- U0 I& c& ?
string1: AAAAAATTTTCCCCCGGGTTTTAAAACCCCCCGG
string2: TTAAA
MacArthur 发表于 2013-10-6 16:179 I, H3 L- ~. v: L2 ]) [
这就是基因BLAST算法的标准定义嘛。。。" D9 \& ?) u1 `. L, {7 B# F$ b' x
Google "Blast算法",一堆开源程序。
喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-6 21:383 h" w$ f* Y- N- h! Y
blast并非只是解决基因的问题,蛋白同样适用,只不过相对于DNA/RNA而言,蛋白质要复杂得多。 ...
MacArthur 发表于 2013-10-6 21:35: `9 U) c/ U; s) w5 u6 T I$ [
不明觉厉。。。 上Billion字节的操作,想想就头大。。。 这个规模是不是得上并行计算了?
...
喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-7 10:356 f, k, c v" |+ G K$ e# N7 t
当然要省很多时间,因为不需要对string1一个一个比了!!!" @3 R: X. o8 C' @" ^& A; ~1 Z* B
string1可以写成:
chalet 发表于 2013-10-10 22:06; F* l* u4 k, k5 G7 ^0 X( N: I
欢迎欢迎。
9 ^' \: |! b: q( E
如果说硬要分类,这个应该还是属于生物信息学领域吧,在科教学圃应该很对口啊。
喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-11 23:06
握握手,看起来也是生物计算的啊,现在在做什么?0 C5 s, c0 `2 S) V9 [
7 G$ l; s: N: h: ~! E" ~ |
还没想好怎么写,涉及的范围得控制一下,要不太大了, ...
chalet 发表于 2013-10-11 20:29" R. L" U8 Z. C" S8 j7 L
我可不是作生物计算的,是学临床医学出身的,而数学正是我的致命伤,哭啊~~~* }" |4 S% N6 l0 ^; e$ u
那是上一轮生物技术泡沫的时 ...
喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-12 15:10! s) Q: ]7 }6 c
兄弟原来是医生,幸会幸会,我的很多合作者都是MD。
0 j! q* W7 Y, k6 G3 o* y9 r6 V
呵呵,03年太早了,HGP刚完成,那会儿还没看出个所 ...
chalet 发表于 2013-10-12 03:12; J' x" }9 ~3 z! J
非常赞同你说的。确实当年我去那家公司的时候,他们拿手的是cDNA表达谱芯片,后面的事实证明,这个层面的 ...
喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-13 15:04* @; e2 w. _; [# @% m; q( T
cDNA算是经典的array了,该不会在程氏公司吧~_~。现在mRNA的expression,特别是经典的几十个癌症基因的 ...
chalet 发表于 2013-10-13 21:20: Y: ?/ V; d* z `
我对当前这个领域的研究有2个观点:. n7 H2 w9 ]# E1 W& a
1. 当前这种研究思路,有点花大本钱做剥丝抽茧的小事的味道。一方面 ...
一叶飞刀 发表于 2014-11-15 07:01' h" j8 W' j) M) A( V7 p
关于字符串匹配,应当已经解决完毕了,大概不会有更高级的算法了。! l2 _4 w1 f. f1 ~7 q2 ]
从S中找ss简单匹配算法为用ss的第一个 ...
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