MacArthur 发表于 2013-10-7 06:17 # {4 u+ J! B2 C$ F- N; q, h6 x. `
这就是基因BLAST算法的标准定义嘛。。。% `. y5 c, b j) |
3 A2 u& {2 W! k0 }3 K. w* M" l
Google "Blast算法",一堆开源程序。
string1: TACGGCATGGCTATCGTAGCTAG
string2: GCTAT
要求在string1里找到string2的位置,如果存在多个的话,都要找出来。
如果两个字符串是这个样子, ?% f! H6 D# ^+ O( R
! y5 M: u; R7 ~
string1: AAAAAATTTTCCCCCGGGTTTTAAAACCCCCCGG
string2: TTAAA
MacArthur 发表于 2013-10-6 16:17 1 D1 A% w; S3 K' K* f/ A) a
这就是基因BLAST算法的标准定义嘛。。。1 j3 R# {4 b& o+ f
Google "Blast算法",一堆开源程序。
chalet 发表于 2013-10-10 22:06 # h- t5 ^0 [1 l; O: ~% L
欢迎欢迎。
( L K% [% X1 Q9 y! ]$ |1 @
如果说硬要分类,这个应该还是属于生物信息学领域吧,在科教学圃应该很对口啊。
chalet 发表于 2013-10-11 20:29 ! T$ @( X5 |5 t9 f" D* I% b S
我可不是作生物计算的,是学临床医学出身的,而数学正是我的致命伤,哭啊~~~; t( _8 v& _8 }3 T# D
那是上一轮生物技术泡沫的时 ...
喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-12 15:10 7 V6 i# N5 x) i
兄弟原来是医生,幸会幸会,我的很多合作者都是MD。
( A. P: ^, K0 h6 G
呵呵,03年太早了,HGP刚完成,那会儿还没看出个所 ...
chalet 发表于 2013-10-12 03:12 $ k- W! a1 W- P4 L2 {9 X+ a9 I8 F: Q
非常赞同你说的。确实当年我去那家公司的时候,他们拿手的是cDNA表达谱芯片,后面的事实证明,这个层面的 ...
chalet 发表于 2013-10-13 21:20 ( l$ L' x" R7 y( ]* d, w: {0 f! p0 `
我对当前这个领域的研究有2个观点:
1. 当前这种研究思路,有点花大本钱做剥丝抽茧的小事的味道。一方面 ...
一叶飞刀 发表于 2014-11-15 07:01
关于字符串匹配,应当已经解决完毕了,大概不会有更高级的算法了。
- ]# }; o) d6 ]$ p
从S中找ss简单匹配算法为用ss的第一个 ...
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