MacArthur 发表于 2013-10-6 16:17
这就是基因BLAST算法的标准定义嘛。。。
1 ?8 k; l+ v* c) v5 B: t
Google "Blast算法",一堆开源程序。
string1: TACGGCATGGCTATCGTAGCTAG. C; e2 B5 l8 x/ O/ w: @2 N1 I
string2: GCTAT
7 v4 u1 D% T3 q% T$ ?
要求在string1里找到string2的位置,如果存在多个的话,都要找出来。
如果两个字符串是这个样子* T+ J# `( H& Y7 Q
string1: AAAAAATTTTCCCCCGGGTTTTAAAACCCCCCGG- z3 Q5 B. A/ h* f$ [9 L |
string2: TTAAA
MacArthur 发表于 2013-10-6 16:174 a2 e! F+ l' y" x
这就是基因BLAST算法的标准定义嘛。。。& H* }1 H0 W( T) L* l' ?8 ]. @
Google "Blast算法",一堆开源程序。
MacArthur 发表于 2013-10-6 21:358 [3 Y( f w b" B4 J/ P# D2 B
不明觉厉。。。 上Billion字节的操作,想想就头大。。。 这个规模是不是得上并行计算了?( u: T% p2 u: N- B, A' I
...
喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-12 15:10- g5 E- {+ j+ d* b, c
兄弟原来是医生,幸会幸会,我的很多合作者都是MD。
呵呵,03年太早了,HGP刚完成,那会儿还没看出个所 ...
chalet 发表于 2013-10-12 03:124 A0 G9 m- v. b {- I
非常赞同你说的。确实当年我去那家公司的时候,他们拿手的是cDNA表达谱芯片,后面的事实证明,这个层面的 ...
喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-13 15:049 d7 F: m5 t( j
cDNA算是经典的array了,该不会在程氏公司吧~_~。现在mRNA的expression,特别是经典的几十个癌症基因的 ...
chalet 发表于 2013-10-13 21:202 d1 R# } m% u1 C8 o7 Z8 m6 `" h
我对当前这个领域的研究有2个观点:
1. 当前这种研究思路,有点花大本钱做剥丝抽茧的小事的味道。一方面 ...
一叶飞刀 发表于 2014-11-15 07:01( H# U2 c5 G& o8 E8 R; [8 }" u2 Q
关于字符串匹配,应当已经解决完毕了,大概不会有更高级的算法了。3 k. c e( O [
" }) g$ h" X& l+ G: s! Q) C
从S中找ss简单匹配算法为用ss的第一个 ...
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