MacArthur 发表于 2013-10-6 16:17T& D4 e3 i/ i. a/ H/ O
这就是基因BLAST算法的标准定义嘛。。。
6 L- u& B7 p! H
Google "Blast算法",一堆开源程序。
string1: TACGGCATGGCTATCGTAGCTAG0 X W* u4 `, O; d+ `! }, a6 L
) m* Y* x3 ?$ v* |. n
string2: GCTAT5 |' ?' J" j4 Z" o* {3 [& a0 k
+ u! F" h, I T
要求在string1里找到string2的位置,如果存在多个的话,都要找出来。
如果两个字符串是这个样子
9 k2 W% _6 ^6 F/ d0 i
string1: AAAAAATTTTCCCCCGGGTTTTAAAACCCCCCGG
string2: TTAAA
喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-7 10:350 a$ p- I; C0 y4 v1 y7 u$ M% D+ h
当然要省很多时间,因为不需要对string1一个一个比了!!!( D- c: w9 O: U: c5 m
string1可以写成:
喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-11 23:06( {) ?) f) l4 \6 f' E
握握手,看起来也是生物计算的啊,现在在做什么?
还没想好怎么写,涉及的范围得控制一下,要不太大了, ...
chalet 发表于 2013-10-11 20:291 A+ |' a, Q ~" h( Y1 `/ ]
我可不是作生物计算的,是学临床医学出身的,而数学正是我的致命伤,哭啊~~~
那是上一轮生物技术泡沫的时 ...
喜欢喝冰茶 发表于 2013-10-12 15:10$ d0 i+ P4 |6 x5 @) P& |/ c
兄弟原来是医生,幸会幸会,我的很多合作者都是MD。* ^: z9 [; P- K# E
- W$ S \/ H4 k2 Z/ Y! \
呵呵,03年太早了,HGP刚完成,那会儿还没看出个所 ...
chalet 发表于 2013-10-12 03:12+ u% J! w* w( c& J( X' @
非常赞同你说的。确实当年我去那家公司的时候,他们拿手的是cDNA表达谱芯片,后面的事实证明,这个层面的 ...
一叶飞刀 发表于 2014-11-15 07:01( S& c/ N `7 ~ x
关于字符串匹配,应当已经解决完毕了,大概不会有更高级的算法了。1 U! }$ d! i8 @ q) o
从S中找ss简单匹配算法为用ss的第一个 ...
欢迎光临 爱吱声 (http://129.226.69.186/bbs/) | Powered by Discuz! X3.2 |