爱吱声

标题: 基于“拔河”的HT Chip [打印本页]

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作者: 喜欢喝冰茶    时间: 2012-9-14 22:55
标题: 基于“拔河”的HT Chip

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最近的Nature methods和 biotechnology上谈到了一些基于“力”的High-throughput chip。超过100kb的长度，是现在热炒的NGS／3GS难以望其项背的。特别是对现在大家都不知道的重复性DNA区域的研究会有帮助，同时也对structural variation的理解有益。
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; G' l0 G2 X, e, P) I% A: h事实上在“拔河”比赛中，至少对于protein，无论是实验技术还是计算技术都已经有一、二十年的历史。单分子力技术的发展中，加州的研究人员一直处于前列，例如现能源部长。但是最近大规模将其转换为应用领域的努力，对DNA整个的操作机理会有可以预见性的帮助，特别是对于临床，例如Cancer Genomics。
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某种意义上来说，“拔河”比赛和"搭积木"是个相反的过程，看看等忙完手边儿的一些项目，有时间写个“搭积木”的姊妹篇，“我和春天有个约会”，哦！是和胖胖蛋白有个约会。

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作者: martian    时间: 2012-9-15 16:37
有没有报道的链接?有兴趣了解一下,我是做ngs的.

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作者: 喜欢喝冰茶    时间: 2012-9-15 20:47

martian 发表于 2012-9-15 02:37
+ w3 X0 N7 D4 k有没有报道的链接?有兴趣了解一下,我是做ngs的.

Mehods: DNA: stretch for the camera, http://www.nature.com/nmeth/journal/v9/n9/full/nmeth.2166.htm
0 P, r/ P% b- }! g) S, h1 {( e1 m( O
Methods: Pulling on single molecules, http://www.nature.com/nmeth/journal/v9/n9/full/nmeth.2149.html
这个似乎全文是免费的。

Biotechnology: Genome mapping on nanochannel arrays for structural variation analysis and sequence assembly. Pubmed ID: 22797562

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作者: 隧道    时间: 2012-9-25 16:05
有点意思。没想到单分子力谱居然有这方面的应用。
不过单分子力谱得到的数据有多可靠？收集数据有多快？
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作者: 喜欢喝冰茶    时间: 2012-9-27 11:53

隧道 发表于 2012-9-25 02:05
有点意思。没想到单分子力谱居然有这方面的应用。
4 B: O& y! e# P4 W不过单分子力谱得到的数据有多可靠？收集数据有多快？

看着还行，开始出来的东西，不能指望太好。现在的microarray不也是经过十几年的发展才到现在的精度吗？

慢慢来，至少部分的能够得到一些3D的信息了，现在的HT技术还做不到。

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